Accès au cluster
Peu importe votre centre de recherche, contactez votre équipe dédiée qui vous créera un compte et vous formera à l’utilisation de cet outil de recherche.
Logiciels
Dans le cadre du calcul intensif et des simulations numériques aux Mines de Saint-Étienne, l’École est dotée d’un certains nombres de logiciels scientifiques (dont certains sous licence). Ces logiciels sont présents sur le cluster de calcul Centaure. Voici une liste non exhaustive de ces logiciels :
- Comsol
- Abaqus
- Ansys
- Matlab
- Python (multi versions)
- Anaconda
- GMSH
- Cplex
- MFix
- Openfoam
- Gurobi
— après votre formation à l’usage du cluster —
Connexion au cluster
La frontale du cluster centaure est accessible via le protocole ssh (Secure Shell) :
ssh -X login centaure.emse.fr
L’option -X qui n’est pas obligatoire mais autorise le « renvoie d’affichage » autrement dit elle permet d’exécuter des applications graphiques à distance.
Pensez à bien modifier le mot de passe par défaut une fois connecté avec la commande passwd.
Le cluster est accessible depuis l’extérieur en activant le vpn école.
Création d’un script SLURM pour lancer un calcul
Il faut exécuter la commande module load tools/cluster-bin puis cluster-create-slurm-script.
Suivre les directives pour créer un fichier qui sera lu par SLURM (voir ci-dessous).
Commandes SLURM
Voici un rappel des quelques commandes SLURM qui peuvent vous servir sur le cluster :
sbatch file.job > permet de lancer votre calcul “file.job” (créé ci-dessus)
squeue > voir les calculs en cours (actifs, en attente, etc…)
scancel job_id > permet de stopper un de ses calculs, identifié par un numéro, le job_id (on peut le retrouver avec squeue)
scontrol show job job_id > donne des informations sur un des calculs identifié par un numéro, le job_id (on peut le retrouver avec squeue)
sinfo > affiche des informations sur l’état des nœuds de calcul
sview & > ouvre une fenêtre graphique contenant la plupart des informations ci-dessus
Modules
Voici un rappel des commandes liées à l’utilisation des modules sur le cluster :
module avail > affiche tous les modules disponibles sur le cluster
module load module_name > charge pour votre session le module module_name
module unload module_name > retire pour votre session le module chargé module_namemodule purge > retire tous les modules chargés de votre session
module list > affiche tous les modules chargés de votre session
module display module_name > affiche des informations sur le module module_name sans le charger